草創は725年（神亀2年）聖武天皇の勅（民の平安を図る）を受け、京へ通ず街道の要路「長尾山山頂」に往来安全・人民安泰祈願道場として毘沙門天・大黒天・弁財天を奉安しお堂を創建したのが甫まりです。
その後は弘法大師により中興され慈薗寺として法灯が受け継がれ、
1721年吉田町に創建された禅道場『陽松庵』が、その外護者の大半が細河住民であったこともあり、 同寺に庇護されるところとなって「慈恩寺」と生まれ変わることになりました。
人の往来が谷筋に変わった事もあり、明治20年（1887）10月現在地に移転されて今日に至ります。